对于新造集装箱出口问题，税务总局曾经与海关总署联合发布《国家税务总局 海关总署关于出口集装箱有关退税问题的通知》（国税发[1998]48号），规定生产企业生产出口的新造集装箱，交付到指定堆场并取得出口货物报关单（出口退税专用）的，即使未填写运输工具名称等信息，仍准予办理出口退税。
随着企业经营方式的多样化，部分外贸企业也通过上述方式出口新造集装箱，出口时，集装箱不是作为一般货物报关，而是作为其他货物或运输工具一并出口，因而报关单上无法填写运输工具名称、航次等信息，无法完全满足出口退税审核的条件。部分地区税务部门近期在受理外贸企业出口退税时发现，48号文件只对生产企业的出口集装箱做了规定，对外贸企业出口集装箱情形并未明确。
为了公平税负，进一步促进对外贸易的发展，税务总局明确了企业出口新造集装箱的退（免）税规定，统一明确企业出口到堆场的新造集装箱，取得出口货物报关单（出口退税专用），同时符合其他出口退（免）税规定的，准予办理退税。这一规定，统一了集装箱外贸企业和生产企业的出口退税政策。
