作为世界上饲养最多（约200亿只）的家养动物，家鸡已经成为人类社会不可或缺的重要组成部分。自达尔文以来，家鸡的身世之谜一直颇受关注。目前学界普遍认可家鸡的主要野生祖先是红原鸡（Gallus gallus）。然而，关于家鸡是在什么时候以及什么地方完成驯化的，依旧是扑朔迷离。近年来，关于“中国北方是否是家鸡的驯化中心”引发了持续的争议，也反映出当前家鸡驯化历史研究的诸多困难。
中国北方是公认的粟黍农业的起源中心，其时间可以追溯到距今约一万多年前的全新世早期。一般认为农业起源伴有家养动物的驯化。动物考古学的研究表明黄河和淮河流域在距今约9000年前就出现了猪的驯化。同时，一些考古遗址出土了“疑似家鸡”的鸟类遗骸。然而，相比于大型哺乳动物，包括家鸡在内的鸟类的遗骸保存状况要差得多。这使得基于骨骼测量的形态比较手段难以鉴定这些零碎的遗骸是属于家鸡还是野生原鸡。随着分子遗传学技术的发展，自2007年开始，研究人员开始尝试解读从古代家鸡遗骸中提取出的DNA信息，力图描绘家鸡驯化和扩散历史的诸多细节。
2014年年底，由中国农业大学和德国波茨坦大学研究人员牵头对中国北方出土的“疑似家鸡”遗骸开展古代DNA研究，最终分别获得了13个样品的线粒体DNA（mitochondrial DNA；mtDNA）COI基因159bp序列和8个样品的mtDNA控制区（control region）326bp序列。通过和已发表的数据进行比较，研究人员发现距今约一万年的黄河流域中游地区的古代鸡中含有现代家鸡的几个主要单倍型，揭示出黄河流域的原始种群是现代家鸡的祖先之一，并证明中国北方地区是家鸡的一个早期驯化中心。相关工作以封面文章的形式发表在著名学术刊物《美国科学院院报》（PNAS）后，受到广泛关注。
然而，随后中国科学院昆明动物研究所的研究人员对相关古代mtDNA数据分析发现序列中含有PCR扩增反应的引物序列，存在明显的质量问题。同时，由于相关工作缺乏对古代DNA保存状态的评估，以慕尼黑大学和牛津大学为首的一批国外学者对研究的真实性，甚至对考古材料本身进行质疑。随后，日本北海道大学、中国社会科学院考古研究所和日本京都大学的学者对中国北方和中部地区18个遗址出土的429份“疑似家鸡”的遗骸重新梳理，结果发现没有一份能被明确归为家鸡！德国慕尼黑大学牵头的国内外学者通过重建全新世以来中国北方的古气候条件，认为野生红原鸡不可能生活在北纬25度以北地区。这一系列的质疑也先后发表在包括PNAS在内的国际学术刊物。这令“中国北方是一个家鸡早期驯化中心”的观点显得风雨飘摇。
如果中国北方是家鸡驯化中心，那么当今的中国北方家鸡群体中很有可能保留有相关的遗传标记。最近，中国科学院昆明动物研究所、嘉应学院、华南农业大学、云南农业大学等国内外多家院所开展合作，试图通过大规模研究现今的中国北方家鸡群体来追溯相关“驯化标记”。研究人员分析了已发表的大量家鸡mtDNA数据，发现mtDNA单倍型亚类群C1可作为探讨中国北方家鸡群体历史的候选遗传标记。研究人员发现单倍型亚类群C1的遗传多样性在中国黄淮流域最高，提示黄淮流域可能是C1的早期扩散中心，时间距今约2500年前。这一时间要明显晚于家鸡的驯化时间，相关结果并不支持中国北方是家鸡的一个驯化中心。
为解开家鸡的驯化之谜，来自考古学和遗传学的研究人员还将继续探索。面对重重困难，寻求开展多方合作，运用包括古代DNA、群体基因组学以及稳定同位素分析在内的多种分析策略，有望拨开家鸡——与我们关系最为密切鸟类，身上的重重迷雾。
