一是从国外引种带来的各种新的疾病。我国从上世纪90年代，就开始不断从国外引进优良种猪，同时也带来了国外的各种猪病，像圆环病毒病、蓝耳病等。由于我国良种猪育种体系还没有完全建立，猪种的更新换代依靠的还是不断从国外引进种猪进行改良，造成了当前这种局面。我国从2009年开始，启动了全国核心育种场遴选，打造我国自己的核心育种群，从而改变对国外种源的依赖。从当前遴选的全国24家种猪企业来看，工作已经开始起步，要全部完成还有很长的路要走。
二是各种疾病的不断变异。最初的疾病，如猪瘟，并没有现在这么复杂。但因为疾病病毒一直存在，造成了毒株的不断变异，使猪瘟越来越难控制。像猪瘟目前就有最急性、慢性、还有非典型性猪瘟等。而从2006年开始暴发的蓝耳病，到目前已有多个毒株出现，市场销售的蓝耳疫苗亦是多种毒株。
三是防疫措施不到位。防疫措施不仅仅包括疫苗的注射，更重要的还是从饲养管理方面入手，建立整体的生物安全措施。前几年因为养殖户理念的差别，更多的注重猪病的治疗，对于预防和饲养认识不到位；这几年，对于疫苗防疫和药物保健开始重视并逐渐形成依赖，而要从根本上杜绝疾病的暴发，需从饲养管理入手提高猪体的抵抗力的理念却仍没有引起重视。这里所说的饲养包括提供全价的营养、舒适的环境、到位的细化管理等。
四是猪病传播途径控制不当。一是防疫意识不到位，散养户存在相互串门造成疾病传播的现象；二是因为病死猪处理不当造成的疾病流行；三是活猪运输造成传播；四是从多家猪场引种，造成隐性感染的猪群暴发疾病等。
