落地式高速大容量离心机转子系统的不平衡是引起振动的主要原因，在导致离心机破坏的诸多因素中，转子装载不平衡和离心管插放不对称是常见原因。
水平转子和角转子要把管套、离心管、管帽与样品一起用天平进行称重平衡。
区带转子不需要平衡，但在装样和取样过程中转子一定要平衡，整个管路要畅通，使分配到每个扇形室里的梯度液和样品均匀。
超高速离心机成功使用垂直转子的关键是离心管密封。在垂直转子的离心过程中，管帽要受到管内液体的压力，除了保证密封良好外，还要保证离心管、管帽与转子的配合，使管内的空气量减至最少，才能使离心管的塌陷程度降至最小。
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